2000er-Jahre: Etablierung in der Bundesliga und Abstieg

Nachdem sich die Einnahmen aus den Heimspielen, den Verkäufen von Fanartikeln (Merchandising) sowie den Finanzhilfen der UFA (jetzt Sportfive) kontinuierlich steigerten, wurden im Jahre 2002 wesentliche Teile des Vereins in eine Kommanditgesellschaft auf Aktien (KGaA) ausgegliedert, um einerseits die Haftung des Vereins zu minimieren und andererseits steuerliche Vorteile ausnutzen zu können.

Trotz Erfolgen in der Bundesliga sowie der Teilnahme am UEFA-Pokal sowie der UEFA Champions League 1999/2000 (mit Siegen gegen den FC Chelsea und AC Mailand) wurde Jürgen Röber nach sechs Jahren bei Hertha BSC im Februar 2002 entlassen. Sein Nachfolger Falko Götz führte Hertha in der Rückrunde der Saison 2001/2002 auf den vierten Platz und damit erneut in den UEFA-Pokal. Zur Folgesaison trat Huub Stevens den Posten als neuer Trainer bei Hertha BSC an und schloss die Spielzeit auf Platz fünf ab. In der Saison 2003/2004 dagegen enttäuschte die Mannschaft und geriet in Abstiegsgefahr, sodass Stevens im Dezember 2003 beurlaubt und als „Retter“ Hans Meyer engagiert wurde. Meyer schaffte schließlich den Klassenerhalt.

Vor der Saison 2004/2005 wurde als neuer Trainer erneut Falko Götz eingestellt. Unter seiner Führung belegte die Mannschaft überraschend am Ende den vierten Rang. Mit einem Sieg im letzten Heimspiel gegen Hannover 96 (0:0) hätte sogar noch Platz drei und damit die Qualifikation für die Champions League erreicht werden können. Die Folgesaison bedeutete mit Rang sechs und der damit verpassten Qualifikation für den UEFA-Pokal einen Rückschritt für Hertha BSC. Auch im UEFA- und DFB-Pokalwettbewerb gab es mit Niederlagen gegen vermeintlich unterklassige Gegner große Enttäuschungen. In der Spielzeit darauf rutschte das Team weiter ab und geriet erneut in Abstiegsnähe. Götz wurde daraufhin im April 2007 entlassen und die Saison von Karsten Heine zu Ende geführt.

Zur Saison 2007/2008 sollte ein Umbruch stattfinden und dafür der Schweizer Lucien Favre verpflichtet. Dieser baute den Kader nahezu komplett um, was in der Saison zu starken Leistungsschwankungen führte. Am Ende der Saison belegte Hertha BSC wie in der Saison zuvor den zehnten Tabellenplatz. Durch die Fair-Play-Wertung der UEFA gelang es dennoch, sich einen Startplatz für die UEFA-Cup-Qualifikation zu sichern. Somit wurde das Ziel UEFA-Cup, welches Manager Hoeneß für das zweite Jahr unter Favre angedacht hatte, durch diese „Hintertür“ vorzeitig erreicht. Das vorrangige Ziel für das erste Jahr – ein einstelliger Tabellenplatz – wurde jedoch knapp verfehlt.

In der Saison 2008/2009 verbesserte Hertha BSC mit 33 Punkten und der erfolgreichsten Hinrunde der Vereinsgeschichte zunächst den bisherigen Rekord aus dem Jahr 1974. Zwar standen Siegen gegen Mannschaften aus dem oberen Tabellendrittel (unter anderem über den späteren Herbstmeister TSG 1899 Hoffenheim) auch Enttäuschungen wie hohe Auswärtsniederlagen gegen den FC Bayern München (1:4), Werder Bremen (1:5) oder der Misserfolg gegen Energie Cottbus (zu Hause 0:1) gegenüber, dennoch lag der Verein zum Abschluss der Halbserie auf dem dritten Tabellenrang. Nach konstant guten Leistungen (unter anderem 2:1 über den FC Bayern München und 1:0 über Bayer 04 Leverkusen) sowie gleichzeitigen Punktverlusten der Konkurrenz übernahm und verteidigte Hertha BSC zu Beginn der Rückrunde mehrmals die Tabellenführung. Insbesondere der vom FC Liverpool ausgeliehene Stürmer Andrij Woronin erwies sich in dieser Phase der Saison als treffsichere Verstärkung. Darüber hinaus agierte die komplette Mannschaft basierend auf einer stabilen Defensive um die formstarken Innenverteidiger Arne Friedrich und Josip Šimunić taktisch diszipliniert. Nachdem sich der Verein somit in die Liste der Titelanwärter eingereiht und zwischenzeitlich vier Punkte Abstand zum Tabellenzweiten hatte, folgte mit drei Niederlagen in Serie der erste Rückschlag. Durch einen 2:1-Heimerfolg gegen Werder Bremen und ein 1:0 bei Hoffenheim schloss Hertha BSC zwar gegen Saisonende erneut zur Spitzengruppe auf, konnte jedoch an den letzten beiden Spieltagen nach einem 0:0 gegen den FC Schalke 04 und einer 0:4-Niederlage beim Absteiger Karlsruher SC nicht mehr in den Kampf um die ersten drei Plätze eingreifen. Mit 63 Punkten und Platz vier erreichte der Verein schließlich das gesetzte Saisonziel und qualifizierte sich damit für die neu geschaffene UEFA Europa League.

Im UEFA-Pokalwettbewerb konnte sich Hertha BSC gegen Nistru Otaci (8:1 im Hin- und 0:0 im Rückspiel), Interblock Ljubljana (2:0 und 1:0) sowie St. Patrick's Athletic (2:0 und 0:0) für die Gruppenphase qualifizieren. Der 8:1-Erfolg über den moldawischen Verein Otaci bedeutete dabei den bislang höchsten Sieg in einem internationalen Wettbewerb für den Verein. In der Gruppenphase traf der Verein in der Gruppe B auf Benfica Lissabon (1:1 zu Hause), Metalist Charkiw (0:0 auswärts) und Galatasaray Istanbul (0:1 zu Hause) und hätte das letzte Spiel der Gruppenphase gegen Olympiakos Piräus gewinnen müssen. Nach einer guten ersten Halbzeit verlor das verletzungsbedingt dezimierte Team jedoch mit 0:4.

In einer Pressemitteilung vom 7. Juni 2009 gab Hertha BSC offiziell die Trennung von Manager Dieter Hoeneß zum 30. Juni 2009 – ein Jahr früher als geplant – bekannt. Als Hauptgrund wurde eine „unterschiedliche Auffassung über die zukünftige Vereins- und Geschäftspolitik“ genannt. Michael Preetz, zum damaligen Zeitpunkt Leiter der Lizenzspielerabteilung, übernahm das Aufgabenfeld von Hoeneß.

Am 28. September 2009 wurde Trainer Lucien Favre entlassen, nachdem Hertha BSC nach einem Auftaktsieg zur Hinrunde der Saison 2009/10 sechs Niederlagen in Folge kassiert hatte. Nachdem Karsten Heine die Mannschaft im Europa-League-Spiel bei Sporting Lissabon (0:1) interimsweise betreut hatte, übernahm Friedhelm Funkel am 3. Oktober 2009 das Traineramt. Mit nur sechs Punkten gingen die Berliner abgeschlagen als Tabellenletzter in die Winterpause. Hertha lag nach dem 26. Spieltag weiterhin auf dem letzten Platz mit nun acht Punkten Rückstand auf den Relegationsplatz. Am 33. Spieltag besiegelte ein 1:1 bei Bayer 04 Leverkusen den Abstieg in die 2. Bundesliga endgültig. Mit der abschließenden 1:3-Heimniederlage gegen Bayern München überbot die Hertha noch einen Negativrekord des SC Tasmania 1900 Berlin: 16 Heimspiele in Folge war bisher keine Bundesliga-Mannschaft ohne Sieg geblieben.

Ab der Saison 2010/11 ist Markus Babbel Trainer der Hertha. Babbel wurde zunächst für ein Jahr verpflichtet, bei einem Wiederaufstieg der Mannschaft besteht ferner die Option einer Vertragsverlängerung.